bioperl

메인 페이지 : http://bioperl.org/

다운로드 페이지 : http://bioperl.org/Core/Latest/index.shtml

설치
cd /home/ilashman/local/src
wget http://bioperl.org/DIST/current_core_stable.tar.bz2
tar xjvf current_core_stable.tar.bz2
cd bioperl-1.4
perl Makefile.PL PREFIX=/home/ilashman/local/bioperl-1.4
make
make test
make install

다음 줄을 .bashrc에 추가
export PERL5LIB=/home/ilashman/local/bioperl-1.4/lib/perl5/site_perl/5.8.0:$PERL5LIB

다음 예제 코드를 실행해본다.
(뭔지는 모르겠지만.. 아무튼 잠시 기다리면 roa1.blast라는 text 결과 파일이 나온다.)
#!/usr/bin/perl

use Bio::Perl;

$seq = get_sequence('swiss',"ROA1_HUMAN");

# uses the default database - nr in this case

$blast_result = blast_sequence($seq);
write_blast(">roa1.blast",$blast_result);